高中生侦探工藤新一被黑衣组织灌下毒药变小，化名柯南，一边追查组织，一边解决无数棘手案件。
废柴青年花垣武道，穿越回中学时代，为了改变女友被害的未来，与不良集团展开对抗。
即将废部的轻音部，四位女生为了拯救社团，开始演奏音乐，度过美好的高中时光。